Nos dias que seguiram o ataque surpresa a Pearl Harbor, a marinha americana mobilizou sua frota inteira para entregar uma resposta defensiva ao avassalador ataque japonês. Em Beyond Pearl Harbor Pacific Warriors, você se juntará ao contra-ataque americano como um piloto de combate, e sua missão é derrotar os japoneses, destruindo todas as suas embarcações e outros artefatos que encontrar pelo caminho.